Desmond mulai melihat tanda yang ditinggal kan oleh Subjek 16 di dinding kamarnya, di dalam Lab Abstergo. Setelah mengetahui apa yang Lab Abstergo, bagian dari Templar inginkan dengan Artefak Eden, ia mulai khawatir bila pada akhirnya dia menemukan lokasi artefak itu. Untungnya ia memiliki teman di dalam lab, Lucy doctornya sekaligus anggota dari Assassin di masa kini, yang membantunya untuk kabur dari lab untuk mengajaknya bergabung menjadi bagian dari Assassin. Sebelum mereka pergi, ia mencuri data mengenai leluhur lain Desmond yaitu Ezio Auditore, untuk mengetahui keberadaan Artefak Eden sebelum Templar mengetahuinya lebih dulu.